admixture, antik dna, Bilim, Evrim, ostrava

Ufku 15 katına çıkaran şeyler – Paris’te Konferans

Selamlar,

Size Paris gettolarından sesleniyorum. Şaka şaka gettolardan değil. Eyfel’e bakan kafeler pek pahalıydı, arka sokaklarda bir yerlere geçtim.

Paris’e 6. İnsan Topluluklarında DNA Polimorfizmleri Konferansı için geldik. Adından da anlaşılacağı gibi oldukça özelleşmiş bir konferans dizisi bu. Normalde 3 gün sürecek olan konferans, son anda Fransa Cumhurbaşkanının yaptığı kelek nedeniyle 2 güne indirildi. Yarın cumhurbaşkanı konferansın yapıldığı müzeye geleceği için son gün iptal edilmiş oldu. Konuşmaların 2 güne sıkıştırılması nedeniyle yoğun bir program olsa da oldukça keyifliydi. En güzel yanı, birçok konuşmayı doktora öğrencileri yaptı, çok da başarılıydılar bana kalırsa. Bizim de son yaptığımız çalışmayla ilgili bir sunumumuz vardı, gayet iyi oldu. Tüm konuşmaların özetleri burada mevcut: http://ecoanthropologie.mnhn.fr/DPHP2016/abstract%20book%20dphp2016.pdf

Konferansın düzenlendiği bina Paris’in Ulusal Doğa Tarihi müzesiydi, sanıyorum daha iyi bir seçim olamazdı.

paris-doğa-tarihi

 

Afrika’nın çeşitliliğine dair birçok sunum vardı, bu aralar Afrika’ya yönelen çok fazla sanırım. Yakında konuyla ilgili çok miktarda kaliteli yayın göreceğiz gibi. Özellikle linguistik ile ilgili acayip kapsamlı şeyler yapılmış. Muazzam!

Edindiğim en önemli şeyler metodolojiye yönelik. Bizim de artık son hazırlıklarını tamamlamaya çalıştığımız, daha önce preprintini yayınladığımız çalışmamızda kullandığımız ChromoPainter hızla yayılıyor. (Preprint burada: http://biorxiv.org/content/early/2016/09/13/074476) Konuşmaların neredeyse tamamında Chromopainter tabanlı analizler kullanılmıştı. Ben de birazcık bundan bahsedeyim dedim. (Aslında kendi genetik testimle ilgili sonuçları güncelleyecektim ama şu an karar değiştirmiş bulunuyorum.)

Chromopainter, haplotip analizi yapmak için kullandığımız bir algoritma. Çok sevimli, en kısa yoldan söylemek gerekirse kromozomları “boyuyoruz”. (bknz. paintmychromosomes.com )

Chromopainter sonuçlarını kullanarak fineSTRUCTURE analizi ile ağaçlar oluşturuyoruz, toplumların birbirleriyle olan ilişkilerini inceliyoruz. Yine Chromopainter sonuçlarını analiz ederek GLOBETROTTER ile toplumların ne zaman ayrıldığını vs tespit edebiliyoruz. Çok temel olarak olay aşağıdaki şekilde olduğu gibi işliyor, daha detaylı bilgi için şu yayına bakabilirsiniz: http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1002453#pgen-1002453-g001

chromopainter

Buradan Chromopainter bize analiz ettiğimiz bireyler arasında paylaşılan DNA parçalarının uzunluğunu ve sayısını veriyor. Bu elde ettiğimiz sonuçlarla birçok analiz yapılabiliyor. Bir bunları popülasyon düzeyinde inceleyip, toplumlar arasında DNA paylaşımlarına bakarak ilişkilerini çözmeye çalışmıştık. Yukarıda linkini verdiğim preprintte bir kısmını görebilirsiniz, tamamı artık yayınlanınca 🙂

Paris’teki konferansta çok farklı analiz yöntemleri de öğrenmiş oldum. Tabii henüz denemeden ayrıntılarını yazmam mümkün değil, onu sonra hallederiz. Ancak, daha önce kendi genetik geçmişimi incelediğim yazıda bahsettiğim şeyleri çok daha net ortaya koymak mümkün hale geliyor. Kısacası, daha önce ADMIXTURE algoritmasıyla yaptığımız analizleri, Chromopainter sonuçlarıyla yapmak mümkün artık. Dahası, belirli bir toplum bileşenini hipotetik bireylerde bir nevi sıkıştıran (dosya ziplemek gibi diyebiliriz sanırım) bir script yazmış bir tanesi. Böylece, örneğin yerli Amerikalılara özgü bir genom bileşenini daha ayrıntılı incelemek mümkün olacak.

Zaten bir süre önce bu yazılımın sahipleri ADMIXTURE sonuçlarının birçok makalede yanlış yorumlandığından yakınmışlardı. (bknz. http://biorxiv.org/content/early/2016/07/28/066431 ) Böyle bir şeyle gelmiş olmaları güzel oldu.

Son sunum Mattias Jakobsson’un Avrupa’nın genetik tarihine dair bir sunumuydu. Harika bir özet oldu.

Çok dağınık bir yazı oldu ama biraz kendime not olsun diye yazıyorum. Affedin şimdilik.

Sonuçta, ufkum bi 15 katına çıkmış olarak Türkiye’ye tatile gidiyorum. Bugün bir gazla “keşke hemen laba dönüp şunları denesem” dedim ama demleme çay burnumda tütüyor. Çay önemli.

Dipnot: Unutmadan ufacık bir şey duyurayım. Benim de çalıştığım Ostrava Üniversitesi Yaşam Bilimleri Araştırma Merkezinde 3 adet doktora pozisyonu açıldı. Pozisyonlar moleküler parazitoloji alanında. Danışman da pek kafa bir adam. Başvurmayı düşünenler linke baksın. Ben de Ostrava’da yaşam gibi sorularınızı cevaplayabilirim. İletişim kısmından ulaşabilirsiniz. Link burada (şu sitenin renk ayarını bozdum, düzelmiyor. tıklayın gelecek o sayfa 🙂 )

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir